对于转基因食品的安全，相关专家的一个共同看法是，只要经过安全审批的转基因食品都是安全的。但是，随着转基因大豆和其他转基因食品进入中国市场，一个在过去被忽视了的安全问题浮出水面——转基因大豆的草甘膦残留量。
草甘膦超标 是一个世界性问题
草甘膦(商品名为农达)是美国孟山都公司于1971年研发的广谱除草剂。目前，已经在世界各国广泛使用。与草甘膦配套使用的是抗草甘膦(抗农达)转基因作物，如抗草甘膦转基因大豆、玉米、油菜和棉花等。农民们种植了抗草甘膦的转基因作物，就可以大量使用草甘膦以杀灭许多杂草，但不会杀死抗草甘膦的转基因大豆和玉米等。然而，草甘膦的应用也在作物上不可避免地留下一些残留，由此对人和动物的安全以及对环境造成潜在危险。
挪威北极大学生物安全中心的库拉等人采集美国爱荷华州200千米范围内某一区域种植的31批次的大豆，对其草甘膦、草甘膦代谢物氨甲基磷酸(AMPA，草甘膦在植物体内最常见的代谢产物)和其他农药成分，以及营养性与化学品成分进行了分析，依据营养成分、元素特征与除草剂/农药残留等指标判定其优劣，从而辨别这些转基因大豆在安全性上与传统大豆是否实质等同。
研究人员检测的大豆分为三类，一是抗草甘膦(抗农达)转基因大豆(GM-soy);二是采用传统化肥，即传统化学农业方式(种植前施用除草剂与农药)种植的非转基因大豆;三是采用有机耕作方式，即无化学方式(不使用除草剂或农药)种植的非转基因大豆。结果表明，抗草甘膦转基因大豆中草甘膦和氨甲基磷酸残留量较高，分别为3.3mg/kg和5.7mg/kg;施用化肥的非转基因大豆中的草甘膦和氨甲基磷酸低于转基因大豆;有机方式耕种的非转基因大豆中的草甘膦和氨甲基磷酸为零。
草甘膦降低大豆营养
对转基因大豆大量使用草甘膦不只是产生安全问题，而且会影响转基因大豆的营养成分。因为草甘膦可减少转基因大豆的光合作用和营养吸收，不管是在温室和田间试验，还是第一和第二代抗草甘膦转基因大豆都是如此。高水平的草甘膦施用减少了α-亚麻酸但增加了油酸，即产生了不健康的脂肪酸。草甘膦也可能改变微量营养物质的状态，特别是锰和锌，这取决于土壤类型。
一般来说，植物根际的微生物群落健康与否，对于植物健康是一个重要因素。但草甘膦有可能影响植物生长所依赖的土壤微生物群落，如增加镰刀菌属。氨甲基磷酸是温和的植物性毒素，会降低大豆的光合作用和蒸腾速率。此外，草甘膦的其他成分对转基因大豆也有害。
对草甘膦残留评估的重要性在于，全球种植抗草甘膦的转基因作物最多，因此草甘膦除草剂也是全球使用最广泛的除草剂。2011年大豆世界产量为2.515亿吨，美国(33%)、巴西(29%)、阿根廷(19%)、中国(5%)与印度(4%)为主要生产国，其中抗草甘膦转基因大豆占到全球产量的75%，即全球有1.87亿吨大豆是抗草甘膦转基因大豆。
2011-2012年，美国种植了大约3000万公顷大豆，抗草甘膦转基因大豆占93-94%。在其他大豆种植领先国家，相同的抗草甘膦转基因大豆在巴西与阿根廷市场占到83%与100%生产量。
如果不对抗草甘膦转基因作物中的草甘膦残留以及其他相似的残留物质进行评估，就不能把转基因产品与非转基因产品的安全性视为实质等同。
草甘膦对生态环境的影响
库拉等人的研究还提出了人们对转基因作物关注的另一个重要问题，即过分依赖除草剂可能造成恶性循环，由此影响生态和环境。这同样基于对抗草甘膦转基因作物原理和使用的认知。
因为农民可以放心地喷洒草甘膦以根除杂草，但转基因作物不会受到伤害。然而，在大片大片的土地上大量使用草甘膦可能导致杂草种群的变化并演化出抗草甘膦的杂草，如产生可怕的长芒苋。由此，又会让农民使用更多、更高剂量的草甘膦，进一步促进草甘膦抗性杂草的进化。这种道高一尺魔高一丈的循环一方面对于农民来说是不可持续的，另一方面也可能通过植物组织积累更高的草甘膦残留而影响消费者。
意识到这些问题，就连中国台湾也于2013年也开始修改进口转基因大豆中草甘膦的含量标准。
中国没有制定草甘膦残留标准
由于种种原因，中国进口的转基因大豆逐年增多。2013年，中国从美国、巴西和阿根廷进口了6300多万吨转基因大豆。进口的大豆主要用于制造大豆油，因此，中国的家庭和餐馆普遍使用转基因大豆油。但是，进口转基因大豆中的草甘膦含量问题一直得不到解决。
过去和现在，虽然有一些媒体陆续报道过进口的转基因大豆中的草甘膦残留问题，但是，由于没有权威认证机构的确认，大豆草甘膦残留一直得不到重视，根本原因在于中国对转基因大豆草甘膦残留量的检测一直没有标准。由于没有标准，中国在进口转基因大豆时也就没有检测草甘膦残留量。
中国没有制定转基因大豆草甘膦残留量标准的原因在于，中国禁种抗草甘膦转基因大豆，草甘膦也不能在大豆田使用，因此目前中国尚未制定草甘膦在大豆中的限量标准。这也为草甘膦在食物中的超量残留留下隐患。一旦草甘膦残留超标(CAC20毫克的标准)，或尽管不超标但有较大残留量并逐渐积累，就有可能产生严重后果。
阿根廷布宜诺斯艾利斯大学分子胚胎学实验室主任安德烈斯·卡拉斯科(Andres Carrasco)在其2010年发表的研究报告中指出，草甘膦通过损害维甲酸信号对脊椎动物，如对青蛙和鸡的胚胎造成损害，产生畸形后代，这与接触草甘膦除草剂居民经常出现的新生儿畸形一致。而且在生产抗草甘膦转基因大豆的地区，女性的流产较多。在阿根廷的查科省，在国家推广农业生物技术后，新生儿畸形翻了两番。此外，草甘膦这样的除草剂与不断升高的患癌率和其他疾病，如慢性肾疾病也有关系。
只有对转基因产品的草甘膦等残留有一个科学的评估标准，并且依法检测，才能确保转基因大豆和其他转基因产品对公众是安全的。